Voor de eeuwwisseling was de klapekster nog een broedvogel in Nederland – rond 1950 minimaal nog enkele tientallen broedparen. In 1999 was het laatste zekere broedgeval. De laatste jaren neemt de soort wel licht toe als overwinteraar.
Om de klapekster terug te krijgen als broedvogel is in ieder geval grootschalig herstel van heide- en hoogveengebieden nodig.
Als de vogels overwinteren zitten ze vaak op grote heidevelden en het liefst op een boomtop als uitkijkpost.
